但是這個利息之前沒有做賬，就只有應付賬款5萬。

這個你要補做下賬才可以的

老師還是同一個問題，這個扣除的金額不是借款利息，是下家工程沒有做好，扣了相應的罰款4000。那么又應該怎么入賬呢？

借：銀行存款
貸：其他業(yè)務收入

這個和工程的稅率是一樣的

借：成本5萬 貸：應付5萬 借：應付5萬 貸：銀行4萬6 其他收入4000。這樣嗎？