那就是說，分公司員工開了總公司抬頭的發(fā)票，就在總公司走費用報銷。不用考慮獨立核算，也不用考慮與勞動合同是否一致，與工資個稅等支付是否是同一個銀行賬戶的問題么？如果之前已經(jīng)通過分公司賬戶支付了員工的費用報銷，這些總公司抬頭的發(fā)票也得在分公司記賬。申報增值稅時，仍歸到總公司申報增值稅吧、分公司申報增值稅時，把這部分總公司抬頭的發(fā)票金額剔除掉？

你好如果之前通過分公司賬戶支付了報銷，但是報銷抬頭寫的是總公司。那這些發(fā)票就不能用，需要另外開戶分公司的發(fā)票，如果無法重新開具。那只能掛起他應收款，讓總公司把錢打回給分公司，分公司不走費用科目，總公司走費用科目，如管理費用，貸，其他應付款，。支付給分公司報銷款時，借 其他應付款 ，貸方，銀行存款。

明白，為了申報增值稅及進項稅抵扣，費用報銷還是最好從總公司直接支付，另外已經(jīng)記入分公司的這部分，總分公司長期掛往來賬清不掉沒關系吧？

是的 最好直接從總公司支付，不要那個往來款會越來越大，。清不掉沒有關系

長期清不掉只要能解釋清楚是什么原因、什么業(yè)務就可以吧？